糞菌移植，是從健康供體的糞便中提取出特定菌群，配型培養後通過一定方式（口服（FMT-C）、灌腸（FMT-L）等）移植到受體腸道中，重建受體的腸道微生态系統，從而達到幹預、治療腸道/腸道外疾病的一種新技術。
糞菌移植通常也被稱爲“菌群移植”(FMT)，糞菌移植是腸道微生态領域的一項非限制類醫療新技術，通過重建腸道微生态進行各類疾病的幹預治療，是将健康人糞便中的功能菌群通過一定方式移植到患者腸内，以調節腸道菌群失衡，重建具有正常功能的腸道微生态系統，達到對腸内腸外疾病的治療或輔助治療作用。
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