腸道菌群失調的危害包括：
腸道功能紊亂：包括腸易激綜合征、功能性腹脹氣、功能性腹瀉、功能性便秘、非特異性功能性腸紊亂等，這些疾病通過精神調适和改變行爲等方式才能從根本上調理胃腸道功能紊亂。
電解質紊亂：長期腹瀉會引起患者體内大量水分和電解質丢失，誘發高血症、低鉀血症、高鈉血症、低鈉血症等，甚至并發癫痫、休克，危及生命。
肝病：肝髒和腸道菌群有一定的聯系，腸道菌群失調可破壞腸道菌群穩定，降低其功能；同時也會影響肝功能，從而讓身體承受各種不适。
影響精神狀态：腸道中某些細菌易使得人類産生焦慮或抑郁情緒。
增加患腸癌風險：腸道菌群失調的人患腸癌的風險較高，因爲腸道細菌可分泌出多種酶類物質，其中的膽固醇脫氫酶以及葡萄糖醛酸酶等都會增加患結腸癌風險。
升高膽固醇：動脈血管内膜受到損傷後，大量膽固醇再此沉積，久而久之造成動脈粥樣硬化。研究發現，菌群中缺乏乳酸菌和雙歧杆菌可升高膽固醇水平。
易感冒和腹脹、口臭等。