腸道菌群移植的主要用處包括：
重建腸道微生态：腸道菌群移植是從正常人糞便中提取健康的功能性菌群，經過嚴格篩選後選擇合适的供體，通過手術的方法移植到患者腸道内，在患者腸道内建立新的腸道菌群，從而調節腸道内菌群的平衡。這種方法可用于治療中重度腸胃功能障礙或者消化系統疾病的治療。
輔助治療腸道疾病：例如，炎症性腸病、腸易激綜合征等腸道疾病，通過菌群移植可以輔助治療。
促進營養物質代謝和能量代謝：腸道菌群可以參與人體的營養物質代謝和能量代謝，通過對腸道菌群進行分析，可以研究營養物質對腸道菌群的影響，以及腸道菌群對人體健康的影響。
同時也要注意，在菌群移植過程中需要避免使用抗生素或抗菌藥物，以免将移植的菌群消滅，從而影響到治療效果。術後要避免進食不潔的食物，盡量選擇清淡且容易消化的食物，有利于腸道菌群移植的成功。
菌群移植的時間因個體差異而異，一般需要2周到1個月左右。
在菌群移植後，新的菌群需要時間在腸道内定植并逐漸發揮作用。這個過程需要一定的時間，具體時間因人而異。