提取後的腸道菌群樣本可以按照以下步驟進行處理：
樣本保存：提取後的腸道菌群樣本應該妥善保存，以避免污染和失活。可以選擇将樣本保存在适當的介質中，如甘油、生理鹽水等，或者将樣本保存在專門的微生物存儲管中。
樣本運輸：如果需要将樣本運輸到其他地方進行處理，應該選擇适當的運輸方式，如冷藏、冷凍等，以保持菌群的活性和穩定性。
菌群分離和純化：根據實驗需求，可以采用不同的方法對菌群進行分離和純化。例如，可以采用劃線分離法、塗布分離法、搖瓶分離法等方法進行分離，并采用菌落PCR等方法進行純化。
菌群鑒定：可以采用表型特征分析、分子生物學鑒定等方法對菌群進行鑒定，以确定其分類學信息和基因組學特征。
菌群培養：可以采用液體培養基或固體培養基對菌群進行培養，以獲得更多的微生物細胞。
數據分析：可以采用專業的生物信息學軟件和工具對菌群數據進行進一步的分析和解讀，以獲得更深入的菌群結構和功能信息。
總之，提取後的腸道菌群樣本應該妥善保存和運輸，并根據實驗需求進行分離、鑒定、培養和數據分析等處理。同時，需要注意遵守實驗室安全規範和質量控制措施，以确保實驗結果的準确性和可靠性。